寵物航空托運單獨托運，即沒有主人伴同，寵物自己乘飛機前往目的地。這種方式只能通過貨運渠道向航空公司申請（寵物主人直接向航空公司的貨運部門申請，或向航空公司指定的專業的代理人申請）。
單獨托運的寵物，需要寵物主人在航班起飛前3小時左右將寵物及《動物檢疫合格證明》交給航空公司貨運
部門或相關寵物航空運輸代理人。航空箱可由寵物主人自備，或向代理人購買。安全起見，代理人會對航空箱打“井”字鐵絲加固，并在航班起飛前兩小時交給機場準備裝機。裝機位置同樣是飛機的行李艙。到達目的地后，需要接收寵物的人在航班落地2小時之后，持身份證原件前往機場的進港貨站辦理提取手續。
